CST CUT&RUN 试剂盒：验证灵活性

CUT&RUN 是一种体内方法，它在 1-2 天内提供结果、降低测序费用并且兼容于多种抗体和靶标。CUT&RUN Assay Kit现在提供以下额外优势以提高检测灵活性：

另外，别忘了 CST 的 CUT&RUN 检测试剂盒仍有以下益处：

持续开发 CUT&RUN 实验方案配有进一步优化后的实验步骤，提升了您的数据，并验证了 CUT&RUN Assay Kit用于更广泛的样品类型。例如，我们现在建议在 4°C 消化，而非 0°C，以提高对预期的染色质片段的回收，同时背景没有显著增加。这改进了 qPCR 和 NG-seq 分析，特别是转录因子和辅因子。

图 A

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652 ，以 NCCIT 细胞和 SUZ12 (D39F6) XP^® Rabbit mAb #3737 进行 CUT&RUN。‚如所示在 0°C 或 4°C 消化 DNA。在图 A，使用SimpleChIP^® Human HoxA1 Intron 1 Primers #7707、SimpleChIP^® Human HoxA2 Promoter Primers #5517 和 SimpleChIP^® Human α Satellite Repeat Primers #4486，通过实时 PCR 对富集的 DNA 定量。将每份样品中免疫沉淀的 DNA 的量表现为相对于所输入染色质总量（等于 1）的信号。在小组 B，使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 库。该图显示跨各 HoxA 基因的结合。

图 B

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652 ，以 NCCIT 细胞和 SUZ12 (D39F6) XP^® Rabbit mAb #3737 进行 CUT&RUN。‚如所示在 0°C 或 4°C 消化 DNA。在图 A，使用SimpleChIP^® Human HoxA1 Intron 1 Primers #7707、SimpleChIP^® Human HoxA2 Promoter Primers #5517 和 SimpleChIP^® Human α Satellite Repeat Primers #4486，通过实时 PCR 对富集的 DNA 定量。将每份样品中免疫沉淀的 DNA 的量表现为相对于所输入染色质总量（等于 1）的信号。在小组 B，使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 库。该图显示跨各 HoxA 基因的结合。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652 ，以 NCCIT 细胞和 SUZ12 (D39F6) XP^® Rabbit mAb #3737 进行 CUT&RUN。‚如所示在 0°C 或 4°C 消化 DNA。在图 A，使用SimpleChIP^® Human HoxA1 Intron 1 Primers #7707、SimpleChIP^® Human HoxA2 Promoter Primers #5517 和 SimpleChIP^® Human α Satellite Repeat Primers #4486，通过实时 PCR 对富集的 DNA 定量。将每份样品中免疫沉淀的 DNA 的量表现为相对于所输入染色质总量（等于 1）的信号。在小组 B，使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 库。该图显示跨各 HoxA 基因的结合。

与 ChIP-qPCR 和 ChIP-seq 相比，CUT&RUN 需要的细胞数显然更少，就能生成可靠数据，而 CST 已通过优化实验步骤以使用甚至更少的样品，进一步节省您的时间。

无法收集 100,000 个细胞，但仍想进行 CUT&RUN 吗？没问题，因为您仅需 5,000-20,000 个细胞就能生成同样出色的数据。

组蛋白

在研究组蛋白时，将 100,000、10,000 或 5,000 个细胞用于 CUT&RUN Assay Kit #86652 的情况下，观察到相似的结合模式。

图 A

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，以数目递减的细胞进行 CUT&RUN。在图 A，100,000、10,000 或 5,000 个 HCT 116 细胞和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。各图显示跨染色体 12（上图）的结合，包括 H3K4me3 的已知靶基因 GAPDH（下图）。在图 B， 用 100,000、10,000 或 5,000 个 HeLa 细胞（如所示）和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys27) (C36B11) Rabbit mAb #9733 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。各图显示跨染色体 20（上图）的结合，包括 H3K4me3 的已知靶基因 MYT1（下图）。

图 B

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，以数目递减的细胞进行 CUT&RUN。在图 A，100,000、10,000 或 5,000 个 HCT 116 细胞和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。各图显示跨染色体 12（上图）的结合，包括 H3K4me3 的已知靶基因 GAPDH（下图）。在图 B， 用 100,000、10,000 或 5,000 个 HeLa 细胞（如所示）和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys27) (C36B11) Rabbit mAb #9733 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。各图显示跨染色体 20（上图）的结合，包括 H3K4me3 的已知靶基因 MYT1（下图）。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，以数目递减的细胞进行 CUT&RUN。在图 A，100,000、10,000 或 5,000 个 HCT 116 细胞和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。各图显示跨染色体 12（上图）的结合，包括 H3K4me3 的已知靶基因 GAPDH（下图）。在图 B， 用 100,000、10,000 或 5,000 个 HeLa 细胞（如所示）和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys27) (C36B11) Rabbit mAb #9733 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。各图显示跨染色体 20（上图）的结合，包括 H3K4me3 的已知靶基因 MYT1（下图）。

转录因子

在研究转录因子时， 将 100,000、20,000 或 10,000 个细胞用于 CUT&RUN Assay Kit #86652 的情况下，观察到相似的结合模式。

图 A

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，以数目递减的细胞进行 CUT&RUN。在图 A，以饥饿过夜且经过 Human β-Nerve Growth Factor (hβ-NGF) #5221 (50 ng/ml) 处理 2 小时的 100,000、20,000 或 10,000 个 PC-12 细胞和 Phospho-c-Jun (Ser73) (D47G9) XP^® Rabbit mAb #3270 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示跨染色体 2（上图）的结合，包括 Phospho-c-Jun 的已知靶基因 Dclk1（下图）。在小组 B，以 100,000、20,000 或 10,000 个 HCT 116 细胞和 TCF4/TCF7L2 (C48H11) Rabbit mAb #2569 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示了跨染色体 8（上图）的结合，包括 TCF4 的已知靶基因 MYC（下图）。

图 B

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，以数目递减的细胞进行 CUT&RUN。在图 A，以饥饿过夜且经过 Human β-Nerve Growth Factor (hβ-NGF) #5221 (50 ng/ml) 处理 2 小时的 100,000、20,000 或 10,000 个 PC-12 细胞和 Phospho-c-Jun (Ser73) (D47G9) XP^® Rabbit mAb #3270 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示跨染色体 2（上图）的结合，包括 Phospho-c-Jun 的已知靶基因 Dclk1（下图）。在小组 B，以 100,000、20,000 或 10,000 个 HCT 116 细胞和 TCF4/TCF7L2 (C48H11) Rabbit mAb #2569 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示了跨染色体 8（上图）的结合，包括 TCF4 的已知靶基因 MYC（下图）。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，以数目递减的细胞进行 CUT&RUN。在图 A，以饥饿过夜且经过 Human β-Nerve Growth Factor (hβ-NGF) #5221 (50 ng/ml) 处理 2 小时的 100,000、20,000 或 10,000 个 PC-12 细胞和 Phospho-c-Jun (Ser73) (D47G9) XP^® Rabbit mAb #3270 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示跨染色体 2（上图）的结合，包括 Phospho-c-Jun 的已知靶基因 Dclk1（下图）。在小组 B，以 100,000、20,000 或 10,000 个 HCT 116 细胞和 TCF4/TCF7L2 (C48H11) Rabbit mAb #2569 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示了跨染色体 8（上图）的结合，包括 TCF4 的已知靶基因 MYC（下图）。

辅因子

当研究辅因子时，将 100,000、20,000 或 10,000 个细胞用于 CUT&RUN Assay Kit #86652 的情况下，观察到相似的结合模式。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，以 100,000、20,000 或 10,000 个 NCCIT 细胞和 SUZ12 (D39F6) XP^® Rabbit mAb #3737 进行 CUT&RUN。‚使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示了跨 HoxD（上图）和 HoxA（下图）（SUZ12 的已知靶基因）的结合。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，以 100,000、20,000 或 10,000 个 NCCIT 细胞和 SUZ12 (D39F6) XP^® Rabbit mAb #3737 进行 CUT&RUN。‚使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示了跨 HoxD（上图）和 HoxA（下图）（SUZ12 的已知靶基因）的结合。

涉及数量有限的样品类型（如组织）中分析染色质时，ChIP 实验对样本输入量的要求较高，需求较为苛刻 。CUT&RUN 对于培养细胞的节省样品的扩展优势同样适用于组织样品。取决于组织，ChIP 可能要求 25 到 50 mg ，而取决于组织类型，我们的 CUT&RUN 试剂盒现在仅需大约 1 到 2.5 mg 的量。

使用 CST CUT&RUN Assay Kit #86652 探索蛋白质-DNA 相互作用时，即便所用样品少约 20 倍，经验证的实验步骤也让您对数据充满信心。

心脏组织 - 组蛋白和转录因子

使用我们的 CUT&RUN 试剂盒，分析 H3K4me3 和转录因子 MITF 的蛋白质-DNA 相互作用仅需 1 mg 心脏组织。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，以 1 mg 轻度固定的小鼠心脏组织（0.1% 甲醛，2 分钟）及 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751 或 MITF (D3B4T) Rabbit mAb #97800 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示H3K4me3 和 MITF 跨染色体 19（上图）的结合，包括 Ifit2 基因（下图）。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，以 1 mg 轻度固定的小鼠心脏组织（0.1% 甲醛，2 分钟）及 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751 或 MITF (D3B4T) Rabbit mAb #97800 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示H3K4me3 和 MITF 跨染色体 19（上图）的结合，包括 Ifit2 基因（下图）。

脑组织 - 组蛋白和转录因子

使用我们的 CUT&RUN 试剂盒，分析 H3K4me3 和转录因子 Brn2/POU3F2 的蛋白质-DNA 相互作用仅需 1 mg 脑组织。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，以 1 mg 轻度固定的小鼠脑组织（0.1% 甲醛，2 分钟）及Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751 或 Brn2/POU3F2 (D2C1L) Rabbit mAb #12137 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示 H3K4me3 和 Brn2 跨染色体 6（上图）的结合，包括 Snrpg 基因（下图）。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，以 1 mg 轻度固定的小鼠脑组织（0.1% 甲醛，2 分钟）及Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751 或 Brn2/POU3F2 (D2C1L) Rabbit mAb #12137 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示 H3K4me3 和 Brn2 跨染色体 6（上图）的结合，包括 Snrpg 基因（下图）。

肝组织 – 组蛋白和转录因子

使用我们的 CUT&RUN 试剂盒 ，分析 H3K4me3 和糖皮质激素受体转录因子的蛋白质-DNA 相互作用仅需 1 mg 肝组织。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，以 1 mg 中度固定的小鼠肝组织（0.1% 甲醛，10 分钟）及Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751 或 Glucocorticoid Receptor (D6H2L) XP^® Rabbit mAb #12041 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示了 H3K4me3 和糖皮质激素受体跨染色体 8（上图）的结合，包括 Mt2 基因（下图）。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，以 1 mg 中度固定的小鼠肝组织（0.1% 甲醛，10 分钟）及Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751 或 Glucocorticoid Receptor (D6H2L) XP^® Rabbit mAb #12041 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示了 H3K4me3 和糖皮质激素受体跨染色体 8（上图）的结合，包括 Mt2 基因（下图）。

肝组织 – 辅因子

使用我们的 CUT&RUN 试剂盒， 分析辅因子 SUZ12 和 RING1B 的蛋白质-DNA 相互作用仅需 2.5 mg 肝组织。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，以 2.5 mg 中度固定的小鼠肝组织（0.1% 甲醛，10 分钟）及SUZ12 (D39F6) XP^® Rabbit mAb #3737 或 RING1B (D22F2) XP^® Rabbit mAb #5694 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示了 SUZ12 和 RING1B 跨 HoxA（上图）和 HoxD（下图）基因区域的结合。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652，以 2.5 mg 中度固定的小鼠肝组织（0.1% 甲醛，10 分钟）及SUZ12 (D39F6) XP^® Rabbit mAb #3737 或 RING1B (D22F2) XP^® Rabbit mAb #5694 进行 CUT&RUN。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。该图显示了 SUZ12 和 RING1B 跨 HoxA（上图）和 HoxD（下图）基因区域的结合。

在有 CUT&RUN 技术之前，由于设法培养足够多的细胞有诸多难题，故几乎不可能在非永生化的原代细胞中用 ChIP 分析蛋白质-DNA 相互作用。

CUT&RUN Assay Kit #86652 显著降低细胞数目要求，从而使研究原代细胞的蛋白质-DNA 相互作用成为可能。切莫仅仅为了满足细胞数目要求而对您想要的样品类型做出妥协。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652 对 100,000 活的 人 CD8+ T 细胞和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751 或 CTCF (D31H2) XP® Rabbit mAb #3418 进行 CUT&RUN 分析。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。上图显示跨染色体 8 的结合，而下图显示 MYC 基因（H3K4me3 和 CTCF 的已知靶标）周围的富集。请参阅 #3418 说明书中包含 CUT&RUN-qPCR 数据的其他结果图。

使用 CUT&RUN Assay Kit #86652 对 100,000 活的 人 CD8+ T 细胞和 Tri-Methyl-Histone H3 (Lys4) (C42D8) Rabbit mAb #9751 或 CTCF (D31H2) XP® Rabbit mAb #3418 进行 CUT&RUN 分析。使用 DNA Library Prep Kit for Illumina (ChIP-seq, CUT&RUN) #56795 制备 DNA 文库。上图显示跨染色体 8 的结合，而下图显示 MYC 基因（H3K4me3 和 CTCF 的已知靶标）周围的富集。请参阅 #3418 说明书中包含 CUT&RUN-qPCR 数据的其他结果图。

CST 以组合或单独形式提供可订购的 CUT&RUN 试剂，因此您可以订购一个试剂盒以获得所有必需试剂或仅订购您需要的试剂。这些试剂都经过内部验证，以确保您会从 CST 得到期待中的高品质试剂。