每份消化的蛋白样品使用一个唯一的 TMT 标签进行标记。对样品进行分离、纯化，随后使用液相色谱法进行分析。（图像由 Thermo Fisher Scientific 惠赠）。
收集使用碱性反相高效液相色谱法 (bRP-HPLC) 分离的分离物后，不按时序汇合，随后进行 MS，从而改进覆盖深度。
Multi-notch MS3 定量仅在 Orbitrap Fusion 系统上进行，可提供无与伦比的 TMT 定量准确度。Multi-notch MS3 避免了低估蛋白表达变化倍数的缺陷，而在传统 MS2 方法中污染物报告者离子干扰会引起这种缺陷 (1, 2)。对多种 MS2 片段进行同步前体选择 (SPS) 和共分离/共碎裂可实现这一点，从而增加前体离子捕获、信号强度、动态范围和分析准确度。最终，这意味着可以检测并准确定量更多蛋白。