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TMT10plex™ Total Proteome Profiling

TMT10plex™ 总蛋白质组分析服务通过使用标有串联质谱标签 (TMT™) 的复用样本和液相色谱法串联质谱法 (LC-MS/MS),为细胞和组织内的蛋白质丰度测试提供精准的全局分析服务。有了这些技术,就能够以更大的覆盖深度来进行蛋白质组学驱动发现、生物标记物分析和作用机制研究,同时在可预测和可靠的周转时间提供成千上万蛋白的高质量和定量数据。

仪器

TMT10plex Total Proteome 服务在 Thermo Scientific™ Orbitrap Fusion™ Lumos™ Tribrid™ 质谱仪上进行。与其他仪器相比,这种质谱仪可提供最多的蛋白检测次数以及最准确的定量结果。CST 是美国供应 TMT10plex™ 蛋白质组服务的首批许可商业供应商之一。

样品制备

样品制备非常容易。只需发送冷冻细胞或组织样品(每份样品仅需 100 μg 总蛋白),我们的团队会完成余下工作。通过检测 10 份样品即可提供总蛋白质组服务;对于涉及 >10 份样品的项目,其中一个通道保留用于对照肽混合。

使用 TMT™ 的多路技术

TMT™ 标签是等量异位质量标签,这种标签使用胺反应性化学来标记消化样品中存在的所有肽。在每个研究中,对成千上万的蛋白进行常规检测和定量。样品(各 100 μg 输入蛋白)单独标记,并放入一份样品中,分离并在 LC-MS/MS 中进行检测,从而为实验设计提供显著灵活性。在每次 TMT10plex™ 检测中,超过 10 份样品的研究可使用对照参考混合物进行分析,从而进行任何规模的项目。

实验设计方法可能包括:

  • 肿瘤表达谱
  • 化合物库筛选
  • 剂量依赖性研究
  • 时程研究
  • 细胞系、原代细胞类型或组织类型比较
  • 配体、激动剂和/或拮抗剂分析

您得到了什么

在从研究前计划到数据分析和随访的整个项目期间,CST 的蛋白质组科学家们会携手我们的客户来提供定义的时间线和咨询支持。客户会收到一个全面的数据包,包括:

  • 结果表以及含有蛋白检测和 TMT™ 定量的幻灯片版面。
  • 研究后咨询
  • 使用 Qiagen 的 Ingenuity® Pathway Analysis (IPA) 软件(作为一项额外服务提供)将 TMT10plex™ Total Proteome 结果选择性地推送到经典通路和新相互作用网络上。

联系我们了解有关 TMT10plex™ 蛋白质组服务的进一步信息。

注:TMT10plex™ Total Proteome 服务仅提供给美国客户。

Cell Signaling Technology 和 CST 均是 Cell Signaling Technology, Inc. 的商标。

Thermo、Thermo Fisher、Thermo Fisher Scientific、Fusion、Lumos 和 Tribrid 是 Thermo Fisher Scientific 及其子公司的许可商标。

Tandem Mass Tag、TMT 和 TMT10Plex 是 Electrophoretics Limited 的许可商标。

Ingenuity 是 Qiagen 的许可商标。

这些蛋白质组服务及产生的可交付成果按照 Pierce Biotechnology, Inc 与 Cell Signaling Technology, Inc. 之间达成的 Tandem Mass Tag™ (TMT™) 技术协议进行出售,并且仅提供用于内部研究目的。不得将本协议中的任何权利转让用于临床活动或研究或任何商业目的。在任何情况下,TMT™ 技术的制造商或经销商均不承担与使用这些服务或可交付成果有关或使用这些服务或可交付成果所引起的附带、特殊、多重或间接损害。

“商业目的”是指以下任意情况:(i) 用于核酸分析,以达成基因组目的;(ii) 在制造、生产或质控中直接或间接使用;(iii) 用于提供某种服务、信息或参考数据;(iv) 用于治疗、诊断或预防目的;或 (v) 出售、转售或租赁,无论是否用于研究目的。如用于澄清之目的,则商业目的不包括用于提供信息或数据给某个终端用户的分包商或其合同研究组织(代表所述终端用户进行研究)。

如需了解有关获得本协议中未许可的任何使用权的信息,请联系 Pierce Biotechnology 了解对外许可,地址为 outlicensing@lifetech.com

TMT Thermo

每份消化的蛋白样品使用一个唯一的 TMT™ 标签进行标记。对样品进行分离、纯化,随后使用液相色谱法进行分析。(图像由 Thermo Fisher Scientific 惠赠)。

BRP 分离

收集使用碱性反相高效液相色谱法 (bRP-HPLC) 分离的分离物后,不按时序汇合,随后进行 MS,从而改进覆盖深度。

Multi-notch MS3 定量仅在 Orbitrap™ Fusion™ 系统上进行,可提供无与伦比的 TMT™ 定量准确度。Multi-notch MS3 避免了低估蛋白表达变化倍数的缺陷,而在传统 MS2 方法中污染物报告者离子干扰会引起这种缺陷 (1, 2)。对多种 MS2 片段进行同步前体选择 (SPS) 和共分离/共碎裂可实现这一点,从而增加前体离子捕获、信号强度、动态范围和分析准确度。最终,这意味着可以检测并准确定量更多蛋白。

使用 TMT10plex™ 对全球实验室中常用的 14 种人细胞系进行分析。在多个 10 重实验中,所有 14 种细胞系(编号参见下文)的肽混合物被用于定量标准化。对每种细胞系中与对照混合物相对的相对蛋白富集度进行计算和颜色编码,以反映富集度高于对照物(绿色)或低于对照物(红色)的蛋白。

幻灯片 1 热图

14 种人细胞系(编号)中使用 TMT10plex™ 测得的颜色编码的相对蛋白富集度热图。对超过 8000 种蛋白进行定量(上图),部分数据点显示为颜色编码,与对照混合物相对的富集度变化用 % 表示(下图)。

客户可以使用分级群聚或其他工具整体查看数据,也可以在表中查看个别蛋白数据。

将 TMT10plex™ 数据与蛋白质印迹法 (WB) 进行对比,以验证蛋白富集度测量值。TMT™ 定量与蛋白质印迹法的一致性良好。FoxA2 和 CD3ε 表达水平根据细胞系有所不同,而 Erk1 和 Erk2 显示在表达方面的变化不那么依赖于细胞系。

TMT 蛋白质印迹法

使用 TMT10plex™ 表达谱(柱状图)和调整的蛋白质印迹法对 14 种人细胞系(编号)进行相对蛋白富集度定量 - FoxA2(上图)、CD3ε(中间)和 Erk1/2(下图)。

这些数据表明,TMT10plex™ Total Proteome 方法能够提供有关复用样本相对蛋白富集度的详细、定量信息。

  1. Ting L, Rad R, Gygi SP, Haas W (2011) MS3 eliminates ratio distortion in isobaric multiplexed quantitative proteomics. Nat. Methods 8(11), 937–40.
  2. McAlister GC, Nusinow DP, Jedrychowski MP, Wühr M, Huttlin EL, Erickson BK, Rad R, Haas W, Gygi SP (2014) MultiNotch MS3 enables accurate, sensitive, and multiplexed detection of differential expression across cancer cell line proteomes. Anal. Chem. 86(14), 7150–8.
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