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染色质免疫沉淀法技术支持

染色质免疫沉淀法

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在使用本技术报告之前,您是否已查阅我们的染色质免疫沉淀法 (ChIP) 故障排除指南

常见问题

  1. 产品目录编号(ChIP 试剂盒和/或抗体)
  2. 印在试管上的批号和参考日期。

染色质制备

  1. 列出使用的细胞类型和治疗。黏附或悬浮细胞?
  2. 给出染色质制备中所使用的细胞总数,并阐明如何确定细胞数量。
  3. 固定时间和甲醛浓度。
  4. 提供核酸酶消化条件(时间、温度、添加的核酸酶量、消化总量)。
  5. 在 1x ChIP 缓冲液中溶解沉淀物后放在冰上的时间
  6. 提供超声条件(脉冲数、每次超声时间以及脉冲期间放在冰上的时间)。
  7. 超声模式(包括探针大小以及超声设置)。
  8. 纯化后染色质 DNA 样品的浓度(参见实验步骤的 B 部分)。

染色质免疫沉淀法 (ChIP)

  1. 列出 IP 使用的抗体。提供每次 IP 使用的抗体数量(μg 或 μl)、抗体来源以及抗体是否经IP 或 ChIP 验证。
  2. 每次 IP 添加的染色质数量 (μg)。
  3. 抗体和染色质的孵育时间。
  4. 使用的蛋白 G 珠类型(磁珠或琼脂糖珠)。
  5. 与珠子一起孵育的时间。
  6. 洗脱条件(时间和温度)。
  7. 解交联条件(时间和温度)。

IP 富集的检测和定量分析

  1. 定量方法(标准 PCR、定量 PCR、ChIP-on-chip、ChIP-seq)。
  2. PCR 循环数以及检测的靶标 DNA 位点。
  3. PCR 分析是否使用梯度稀释的 2% 输入对照组DNA 测试所使用的引物对 (参见 G 部分步骤 1 的描述)?
  4. 输入对照组 DNA 梯度稀释后的线性PCR 结果是否使用了此引物对?
  5. 引物对的 PCR 计算效率是多少(仅针对定量 PCR 用户)?
  6. 使用对照 Histone H3 Antibody (#4620) 是否显示出对 RPL30 启动子的富集?如果是,那么富集量是多少(用添加至 IP 反应的输入染色质总量的百分比表示)?
  7. 使用 Normal Rabbit IgG (#2729) 的 RPL30 启动子的富集量是多少(用染色质输入总量的百分比表示)?
  8. 使用对照 Histone H3 Antibody (#4620) 是否出现靶位点的富集?如果是,那么富集量是多少(用染色质输入总量的百分比表示)?
  9. 使用 Normal Rabbit IgG (#2729) 的靶位点的富集量是多少(用染色质输入总量的百分比表示)?
  10. 检测抗体是否对靶位点进行了富集。如果是,那么富集量是多少(用染色质输入总量的百分比表示)?
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