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以酶为基础的染色质消化的优势

Cell Signaling Technology (CST) 的新 SimpleChIP® Enzymatic Chromatin IP Kits 由 CST 和 NEB 科学家共同开发而来,因此含有最高质量的研究试剂。这些试剂盒附带蛋白 G 琼脂糖或 Protein G magnetic beads,并且含有进行多达 30 次 ChIP 实验所需的所有缓冲液和试剂。试剂盒中提供的试剂均为在 CST 经过内部 ChIP 验证的产品,可简化您的优化过程。试剂盒可与所有经 ChIP 验证的抗体搭配使用,以检测哺乳动物细胞中蛋白-DNA 相互作用和组蛋白修饰的内源水平。蛋白 G 琼脂糖和 Protein G magnetic beads 还作为单独产品提供。

与超声处理相比,微球菌核酸酶酶消化的主要优势:

  • 酶消化较超声处理更加温和,并且能更好地保留染色质和抗体表位的完整性,这意味着免疫沉淀效率提高。
  • 靶蛋白的免疫沉淀效率提高意味着可增强对蛋白-DNA 位点的检测。
  • 靶标 DNA 位点的检测增强意味着所需的输入染色质减少,可节省宝贵的时间和试剂。
  • 酶消化提供更高的敏感性,背景更低,这在检测 DNA-转录因子和辅因子时非常重要。
SimpleChIP Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) #9003

以酶为基础和以超声处理为基础的 ChIP 试剂盒可产生类似大小的染色质片段。根据 SimpleChIP® 酶解染色质免疫共沉淀试剂盒(磁珠法) #9003 或某个竞争公司的基于声处理的 ChIP 试剂盒中所含的实验步骤,使用 4 x 107 个 HCT116 人结直肠癌细胞制备染色质。使用每份染色质样品纯化 DNA,并对 1% 琼脂糖凝胶进行电泳来测定片段大小。使用 SimpleChIP® Kit(泳道 1)进行酶消化以及使用竞争对手的试剂盒(泳道 2)进行超声处理所产生的染色质片段均为 150 - 700 bp,对应 1-5 个核小体的长度。

示例 A: PCR 引物对转录活化的 GAPDH 和 c-MYC 基因以及失活的 MYT-1 基因具有特异性。

示例 A:比较 CST 和竞争对手的三甲基化组蛋白、乙酰化甲基化组蛋白、Rbp1 和 Normal Rabbit IgG 的柱状图。

示例 B: PCR 引物对 CAMK2D 和 c-MYC 基因的已知 TCF4 结合位点以及不含 TCF4 结合位点的 MYT-1 基因的某个区域具有特异性。

示例 B:比较 CST 和竞争对手的 TCF4、β-Catenin 和 Normal Rabbit IgG 的柱状图。

与超声处理的染色质相比,SimpleChIP® 消化染色质更有利于进行免疫沉淀。使用 SimpleChIP® Enzymatic Chromatin IP Kit (Magnetic Beads) #9003 或竞争对手的以超声处理为基础的 ChIP 试剂盒对 10 μg 交联的 HCT116 染色质和指定抗体进行染色质免疫沉淀。通过 qPCR 对富集的 DNA 进行定量。在每份样品中,免疫沉淀的 DNA 的数量表示为占总输入染色质的百分比。对于每个检测的靶标,与超声处理的染色质相比,酶消化的染色质显示出靶标 DNA 位点的富集度更高。

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