结合 mSOS 肽（红色）的 SEM-5 的羧基末端 SH3 结构域。
Src-同源 3 (SH3) 结构域结合脯氨酸富集肽，这种肽会与最小的共有 Pro-X-X-Pro 形成左侧聚脯氨酸 II 型螺旋。脂肪族残基通常在每个脯氨酸的前面，每个脂肪族脯氨酸对则与 SH3 结构域上的疏水口袋相结合。原则上，配体能以任意一种方向结合。其它非脯氨酸残基（经常是 Arg）结合 SH3 结构域，并形成结合核心的一部分。这类肽通常结合 SH3 结构域，µM 范围为 Kd。SH3 结构域上涉及环的三次相互作用会使结合亲和力和特异性明显增强。
| SH3 结构域蛋白 | 结合伴侣 | SH3 结构域结合位点 |
| Src 酪氨酸激酶 | Pl3 激酶的 p85 亚基 | RPLPVAP I 类氨基末端-羧基末端结合位点 |
| Crk 接头蛋白 | C3G 胍核苷酸交换蛋白 | PPPALPPKKR II 类羧基末端-氨基末端结合位点 |